Las células eucarióticas son células con núcleo bien definido gracias a su membrana nuclear, que separa el material genético del citoplasma, son más modernas ya que se supone que aparecen hace 1.500 millones de años a partir de la asociación y evolución de células procarióticas, según la "teoría endosimbiótica" propuesta por la bióloga Lynn Margulis:
Esquema teoría endosimbiótica1) Célula procariótica precursora anaerobia con gran capacidad para ingerir partículas grandes. Los sistemas de ingestión y digestión van siendo cada vez más eficaces. Se producen invaginaciones en el citoplasma.
2) Va aumentando el tamaño celular y su movilidad.
3) Parte de sus presas eran procariotas aeróbios y en ocasiones cianobacterias fotosintetizadoras. En un momento dado se establece la simbiosis entre el depredador y las presas. Los organismos aeróbios constituyen las actuales mitocondrias y los fotosintetizadores los cloroplastos.
4) Antiguas espiroquetas bacterianas al ser también ingeridas podrían haber vivido en simbiosis con las modernas células eucarióticas dando lugar a centriolos, cilios y flagelos.
Esquema de célula animal
Esquema de célula vegetal 
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